სოფლის მეურნეობა წყალტუბოს მუნიციპალიტეტის ერთ-ერთი მნიშვნელოვანი დარგია. გამოიყოფა სამი მიმართულება, ეს არის სათბურები, მეცხოველეობა და მარცვლეული კულტურების განვითარება. მუნიციპალიტეტის 49 სოფელში 16 973 კომლი ცხოვრობს. აქედან 90%-მდე სასოფლო სამეურნეო სექტორს უკავშირდება.
სოფლის მეურნეობის მაპროფილებელი დარგებია: მეხილეობა, მეცხოველეობა, მარცვლეულის დამზადება, მეფუტკრეობა, ბაღჩეული კულტურების წარმოება. გამორჩეულია ბოსტნეული.
სასოფლო -სამეურნეო სავარგულები მოიცავს 29,1 ათას ჰექტარს, სახნავი ფართობი-13 205 ჰექტარია. ქალაქ წყალტუბოში, სოფელ ტყაჩირში, გეგუთსა და მაღლაკში ფუნქციონირებს სამაცივრე მეურნეობები, სადაც ხდება საექსპორტო მწვანილის შენახვა- შეფუთვა. წყალტუბოს მუნიციპალიტეტში სოფლის მეურნეობის დარგებს კურირებს საქართველოს სოფლის მეურნეობის სამინისტროს წყალტუბოს მუნიციპალიტეტის საინფორმაციო- საკონსულტაციო სამსახური, რომელიც განთავსებულია წყალტუბოსმუნიციპალიტეტის გამგეობის პირველ სართულზე.
